亞氯酸鈉是一種強氧化劑，在酸性條件下，會釋放出二氧化氯，實際應用過程中，多加入檸檬酸鈉作為酸化劑，反應后即釋放出二氧化氯。二氧化氯已成為氯的首 選替代產品，不僅用于紙槳、織物漂白，還可用于飲用水的消毒殺菌除藻及水果蔬菜保鮮、水產養殖等，二氧化氯的殺菌除藻機理如下。

    二氧化氯在水中以中性分子形式存在，對微生物細胞壁有良好的吸附和穿透性能，其殺菌消毒作用主要是通過滲入細菌細胞內，將核酸（RNA或DNA）氧化，從而阻止細胞的合成代謝，并使細胞死亡。因此它比一般的氧化劑（如液氯）更易進入藻細胞，有研究表明采用1mg/L的二氧化氯進行預氧化時的除藻率可達75%以上。二氧化氯除對一些細菌有殺菌作用外，對芽孢、病毒、藻類、鐵細菌、硫化菌、硝化菌、真菌等均有很好的殺滅作用

    二氧化氯對藻類的控制機理為：二氧化氯對苯環有一定的親和性，能使苯環發生變化而無嗅無味，而葉綠素中的吡咯環與苯環非常類似，二氧化氯也同樣能作用于吡咯環。這樣，氧化氯氧化葉綠素，植物新陳代謝終止，使得蛋白質的合成中斷，導致藻類死亡。 二氧化氯還對水中鐵（Fe2+）、錳（Mn2+）、酚等有明顯的去除效果。其良好的殺菌滅藻特性，使其在生活飲用水領域應用非常廣泛。

　　亞氯酸鈉用于飲用水消毒殺菌具有很大的優越性，不但殺菌除藻效果好，而且可以除臭，不殘留氣味，四百度以內藥劑不會失效，殺菌時間長，可以長時間使用，使用時不會產生泡沫，很容易和水相容合，不會對人和環境產生傷害。